Matrix'te tasvir edilen olaylardan altı ay sonra, Neo'nun özgür insanlar için getirdiği umut gerçekleşmeye başlamıştır. Artık giderek daha fazla insan, Matrix'ten kurtularak Zion'a getirilmekte ve Direniş'in tek kalesine katılmaktadır. Neo, kendi süper güçlerini keşfetmiş ve insanlığın kaderini değiştirecek bir kahraman haline gelmiştir. Süper hız, Matrix'in kodlarını görme yeteneği ve ön biliş gibi güçlere sahiptir.