80’lerin sonunda geçen hikâyede, 16 yaşındaki Donnie Darko adlı genç, gerçeklikten kopmasına neden olan tuhaf ve ürkütücü halüsinasyonlar görmeye başlar. En çok da tavşan kostümlü gizemli bir adam sık sık karşısına çıkar. Çevresiyle uyum sorunu yaşayan Donnie, ailesinin ve okulun kendisi için belirlediği yoldan saparak, bu esrarengiz misafirin yönlendirmeleri doğrultusunda tehlikeli ve karanlık bir keşfe doğru sürüklenir.